A cirok alapvetően nem érzékeny a betegségekre, ezért az ellenük való védekezés nem a technológia része. Lokálisan, területenként és évjárat függvényében azonban előfordulhatnak betegségek ( és kártevők is ).
Vannak azonban hajlamosító tényezők.
Például:
A szemes cirok táblára túl nagy mennyiségben kijuttatott nitrogén ( 150 kg/ha felett ) hajlamosít a betakarítást közvetlenül megelőző időszakban arra, hogy az állományt a Fusarium fajok károsítsák, amelyek nem a termést hanem a szárat támadhatják meg növelve a kidőlés veszélyét. Előfordulhat, de alapvetően nem jellemző probléma.
Gyomos cirok állomány illetve szomszéd terület, ahol a kártevők felszaporodhatnak.
A vegetációs időszakban 2 fő kártevő jelenhet meg, de ezek mennyisége egyértelműen évjárat és a tábla függő.
Mindkettő ellen a piretroid rovarölőszerek hatásosak, de egyenlőre hivatalosan nincs engedélyezve használatuk cirokban.
A levéltetű 8-12 leveles kor tájékán jelenik meg és vektorként vírusokat ( pl. kukorica mozaik ) terjeszthet megfertőzve az állományt- lsd. csatolt kép. A gyapottok bagolylepke hernyója virágzáskor okozhat kár megrágva a fejlődő szemeket.
Az Euralis hibridek esetében a nemesítés egyik kiemelt célja a betegségekkel szembeni tolerancia növelése és a gyors regenerálódóképesség. A kísérleti eredmények és a termelői visszajelzések azt mutatják, hogy hibrid és hibrid között egyértelműen van érzékenységbeli különbség. Az Euralis hibridek ebben is erősek- nem véletlen, hogy hibridjei piacvezetők Magyarországom.